Tại SEA Games lần này, chủ nhà Campuchia đã đưa ra các biện pháp hạn chế số lượng VĐV các đoàn thể thao khác thi đấu trong một số bộ môn thể thao, đặc biệt là các môn võ thuật và đối kháng. Theo đó, các nước khác chỉ được đăng ký không quá 70% số nội dung thi đấu, trong khi chủ nhà được toàn quyền tham dự ở tất cả các nội dung này[41]. Philippines đã phản đối quy định nêu trên và cho rằng đây là cách để Campuchia tối đa hóa cơ hội giành huy chương vàng của mình và giảm khả năng cạnh tranh của đối thủ.[42][43]

Ở môn cầu lông, Campuchia đã tổ chức một nội dung mới, lần đầu tiên xuất hiện ở SEA Games là đồng đội hỗn hợp, trong đó các đội thi đấu theo đơn nam, đơn nữ, đôi nam, đôi nữ và đôi nam nữ. Các đoàn thể thao từng giành huy chương cầu lông (bao gồm Việt Nam, Thái Lan, Indonesia và Malaysia) đều không được tham dự, chỉ có Campuchia, Lào, Brunei, Đông Timor và Myanmar tranh tài ở nội dung này.[44] Bambang Roedyanto, một quan chức kỹ thuật tại Đại hội, nói rằng “Campuchia [muốn] có cơ hội giành huy chương [ở môn cầu lông], vì vậy [nội dung đồng đội hỗn hợp] được tổ chức giữa các quốc gia [có nền cầu lông đang phát triển]”[45]. Một số quy định hạn chế tương tự cũng được áp dụng ở các môn đua thuyền[46], thể thao điện tử.

Indonesia đã càn quét bục huy chương ở nội dung đua xe đạp băng đồng của nam. Tuy nhiên, điều lệ của Liên đoàn Thể thao Đông Nam Á (SEAGF) điều 37 khoản C có quy định cấm các vận động viên của cùng một quốc gia giành toàn bộ bộ huy chương (vàng, bạc, đồng) trong cùng một nội dung. Vì vậy mà người về đích thứ ba, Ihza Muhammad phải nhường lại huy chương đồng cho tay đua về thứ tư Khim Menglong của Campuchia. Đáng nói, quy định này không có trong các quy định của IOC, khi một quốc gia có thể quét sạch huy chương.[47]